Les Naturalistes sont affiliés :
Les Naturalistes travaillent aussi en collaboration avec l’UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature) et participent au groupe outre-mer de l’UICN-France.
Les Naturalistes de Mayotte travaillent en collaboration avec un ensemble d’acteurs économiques et publics du territoire.
Des partenariats ou des projets sont développés avec des organisations qui œuvrent pour la protection de l’environnement et du patrimoine, ou qui tendent à mette en place des actions pour limiter leurs impacts sur l’environnement.